Машинобудівний навчально-науковий інститут Національного університету кораблебудування (МННІ НУК) створено наказом ректора НУК № 320-к від 5 травня 2004 р. Прообразами майбутнього інституту були механічне відділення політехнічного технікуму (1924 р.) та машинобудівний факультет (1939 р.). За цей період підготовлено більше 25 тисяч фахівців для різних галузей народного господарства. Багато з них стали відомими державними та громадськими діячами, керівниками промислових підприємств, науково-дослідних організацій, різних навчальних закладів, професіоналами високого ґатунку.

Починаючи з 1924 року деканами машинобудівного факультету були інж. Золотарьов О.Я., інж. Чулков М.Ф., інж. Вісько П.К., доц. Козубов П.К., проф. Бугрінов М.В., проф. Лаханін В.В., доц. Тарабрін І.В., доц. Лясковський І.Д., проф. Тітов П.Й., інж. Вишеславський М.Д., доц. Пісарев П.А., проф. Бузнік В.М., проф. Сагарда А.О., доц. Букус І.А., доц. Байбарак Д.С., доц. Голубченко О.І., доц. Павліченко О.М., інж. Луканов І.І., доц. Іпатенко О.Я., проф. Романовський Г.Ф., проф. Горбов В.М. Після утворення Машинобудівного інституту НУК з 2004 по 2009 рр. його очолював проф. Горбов В.М., а з вересня 2009 р. директором інституту став проф. Сербін С.І.